كشفت صحيفة يديعوت احرونوت الإسرائيلية استناداً لمصادر رفيعة في الحكومة الإسرائيلية على أن البرادعي كان عميلاً إيرانيا خلال فترة عمله بالوكالة الدولية للطاقة الذرية وانه لم يقدم تقريراً واحداً يدين البرنامج النووي الإيراني على عكس ما كان يقدمه ضد برنامج العراق النووي.[5] في حين كانت تقارير البرادعي بخصوص العراق بالتأكيد على أن عبارات "مهمة غير منجزة" , "أسئلة معلقة" , " وثائق ناقصة" وما إلى ذلك حسب موقع الرابطة العراقية. وقد كشف موقع "فري ريبابلك" في ديسمبر 2004 عن إن زوجة البرادعي عايدة كاشف إيرانية وإنها بنت عم آية الله محمد رضا مهدوي كني (رئيس مجلس الخبراء الإيراني) الحالي. وكشف الدكتور كامران بيرنيه لموقع إيطالي مختص بالشؤون الإيرانية عن وجود علاقة بين آية الله مهدوي كنى (كاني) وزوجة البرادعي والتي وصفها بالقوية وبالتالي فان البرادعي نسيب لأحد أكثر الرجال نفوذا في إيران. يقول الكاتب حمدي السعيد سالم في بحث طويل عن أن البرادعي سرب معلومات مهمة لإيران لمواجهة الغرب وانه معجب جداً بالنمط الإيراني حيث قال ذات مره إن نجاد ونصر الله يزدادون شعبية وان إيران فيها انتخابات ولكن أين الانتخابات في العالم العربي؟
وفي 2011 نفى محمد البرادعي في حوار مع الإعلامي عمرو الليثي أن زوجته إيرانية أو إنها تحمل أي جنسية أخرى
[right]
Israeli officials: ElBaradei an Iranian agent
Senior state officials accuse former IAEA chairman of covering up for Islamic Republic during his term, allowing Iranians to move ahead with nuclear program while playing for time. 'He is a despicable person,' one of them says. El Baradei calls accusations 'false'; Iranian Foreign Ministry says Tehran ready to resume nuke talks 'with respect for our nation's rights'[/
right]
الترجمة
مسؤولون إسرائيليون: البرادعي عميل إيراني
كبار مسئولي الدولة السابق للوكالة يتهم رئيس التغطية على الجمهورية الإسلامية خلال فترة ولايته، والسماح الإيرانيين على المضي قدما في البرنامج النووي في حين كسب الوقت. "انه شخص حقير، 'واحد منهم يقول. البرادعي يدعو الاتهامات "كاذبة"؛ وزارة الخارجية الايرانية ان طهران مستعدة لاستئناف المحادثات النووية "مع احترام حقوق أمتنا '